Vivono nell'Orto patavino alcune piante notevoli per la loro vetustà,
normalmente indicate come alberi storici. Esse, come tutte le piante dell'Orto,
sono evidenziate da apposite etichette che riportano oltre al nome scientifico
(binomio latino) della specie, l'iniziale o la sigla dell'Autore che l'ha
per primo validamente denominata e descritta, la famiglia di appartenenza
ed il luogo di origine e, in questo caso, anche l'anno di introduzione
oppure di impianto in Orto.
All'interno dell'Hortus sphaericus si possono ammirare una palma
di S. Pietro (Chamaerops humilis L.) che è attualmente la pianta
più antica dell'Orto in quanto messa a dimora nel 1585 e resa famosa
da Goethe che le dedicò alcuni scritti ed opere scientifiche, un
ginkgo (Ginkgo biloba L.) del 1750 ed
una magnolia (Magnolia grandiflora L.)
probabilmente piantata nel 1786 e ritenuta la più antica d'Europa.
Altri alberi storici si trovano nell'Arboretum, realizzato dalla
seconda metà del Settecento, all'esterno del muro circolare, specialmente
ad opera dei Prefetti Giovanni Marsili e Roberto de Visiani. In quest'area
fu inserita anche una collinetta artificiale ("Montagnola" o
Belvedere) con sentieri sinuosi secondo un disegno di parco romantico
all'inglese. Si trovano in questi spazi un gigantesco platano
orientale (Platanus orientalis L.) del 1680 con il fusto cavo ed inoltre
un cedro dell'Himalaya (Cedrus deodara (D.Don)
G.Don fil.), molto meno vetusto del precedente e quindi non ancora
considerato albero storico, ma importante perché si tratta del
primo esemplare di questa specie introdotto in Italia (1828).
Alberi interessanti, anche se non storici, sono gli annosi cipressi
calvi (Taxodium distichum (L.) Rich.) originari delle paludi della
Florida e della Louisiana, inseriti lungo il canale Alicorno presso il
ponte di ingresso (Ponte delle Priare) ed una metasequoia
(Metasequoia glyptostroboides Hu& Cheng), specie conosciuta solo
come fossile fino al 1942, poi trovata vivente nella Cina Occidentale.
I suoi semi sono stati diffusi in tutto il mondo e un individuo vive dal
1961 nell'Orto botanico di Padova, nel quarto medicinale presso la porta
Sud, accostato alla cinta muraria.
In vicinanza della porta Nord, è vissuto fino al 1984 un venerando
esemplare di agnocasto
(Vitex agnus-castus L.) la cui presenza in Orto è testimoniata
dal 1550.
Nell'Arboretum sono stati collocati a scopo didattico anche due frammenti di tronchi. La parte basale del tronco di un gigantesco olmo (Ulmus minor L.) vissuto in Orto per circa un secolo e mezzo e morto nel 1991 a seguito di un attacco fungino, evidenzia sulla sezione trasversale gli anelli di accrescimento annuale (contrassegnati da chiodini) e permette di calcolarne l'età. Un frammento di fusto subfossile di una grossa quercia e precisamente una farnia (Quercus robur L.), rinvenuta nel corso di scavi presso Padova, è risultata risalire a 2650 anni or sono (datazione effettuata col metodo del carbonio radioattivo) e costituisce un'importante testimonianza della vegetazione della Pianura Padana prima della distruzione dei boschi ad opera dell'uomo. Purtroppo il contatto con l'atmosfera e la colonizzazione da parte di vari microrganismi hanno innescato un accentuato processo di decomposizione.