Vivono nell'Orto patavino alcune piante notevoli per la loro vetustà, normalmente indicate come alberi storici. Esse, come tutte le piante dell'Orto, sono evidenziate da apposite etichette che riportano oltre al nome scientifico (binomio latino) della specie, l'iniziale o la sigla dell'Autore che l'ha per primo validamente denominata e descritta, la famiglia di appartenenza ed il luogo di origine e, in questo caso, anche l'anno di introduzione oppure di impianto in Orto.
All'interno dell'Hortus sphaericus si possono ammirare una palma di S. Pietro (Chamaerops humilis L.) che è attualmente la pianta più antica dell'Orto in quanto messa a dimora nel 1585 e resa famosa da Goethe che le dedicò alcuni scritti ed opere scientifiche, un ginkgo (Ginkgo biloba L.) del 1750 ed una magnolia (Magnolia grandiflora L.) probabilmente piantata nel 1786 e ritenuta la più antica d'Europa.
Altri alberi storici si trovano nell'Arboretum, realizzato dalla seconda metà del Settecento, all'esterno del muro circolare, specialmente ad opera dei Prefetti Giovanni Marsili e Roberto de Visiani. In quest'area fu inserita anche una collinetta artificiale ("Montagnola" o Belvedere) con sentieri sinuosi secondo un disegno di parco romantico all'inglese. Si trovano in questi spazi un gigantesco platano orientale (Platanus orientalis L.) del 1680 con il fusto cavo ed inoltre un cedro dell'Himalaya [Cedrus deodara (D.Don) G.Don fil.], molto meno vetusto del precedente e quindi non ancora considerato albero storico, ma importante perché si tratta del primo esemplare di questa specie introdotto in Italia (1828).